У 2006-2009 обіймав посаду міністра праці і соціального захисту в уряді Мірека Тополанека, а також був віце-прем'єром.
8 травня2009 пішов у відставку разом з Міреком Тополанеком. Після відходу Мірека Тополанека з посади голови ГДП у квітні 2010 року став виконувачем обов'язків лідера партії, а також кандидатом партії на посаду прем'єр-міністра на травневих парламентських виборах.
На парламентських виборах у Чехії 28-29 травня 2010 Громадянська демократична партія Нечаса зайняла друге місце (перше місце посіла Соціал-демократична партія, очолювана Іржи Пароубеком). Після виборів партія об'єдналася в коаліцію з партіями «Громадські справи» і ТОП 09.
4 червня2010 президент Вацлав Клаус довірив Петрові Нечасу сформувати уряд за участю трьох партій — ГДП, ТОП 09 і «Громадські справи»[3]. 27 червня Нечас був призначений прем'єр-міністром[4].
17 червня2013 року пішов у відставку з посади прем'єр-міністра. Таке рішення прийняв за чотири дні після низки арештів чеських чиновників у зв'язку зі звинуваченнями у корупції та зловживанні владою.[5]