У дорослому футболі дебютував 1995 року виступами за команду другого грецького дивізіону «Понтіої Веріас», в якій провів два сезони, взявши участь у 51 матчі чемпіонату. Після сезону 1995—1996 року клуб вилетів у третій дивізіон, але Кафес, як один із найкращих футболістів команди, зацікавив найсильніші грецькі клуби, та отримав пропозицію від салонікського клубу ПАОК.
До складу ПАОК Пантеліс Кафес приєднався у січні 1997 року. Відіграв за клуб із Салонік наступні шість сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі ПАОКа, був основним гравцем команди. У складі клубу двічі став володарем Кубку Греції. Після другої перемоги у фіналі кубку ПАОКа над найсильнішою на той час командою Греції — пірейським«Олімпіакосом», Пантеліс Кафес отримав запрошення від пірейського клубу. Саме у той час у футболіста виникла суперечка із салонікським клубом щодо виконання ним контрактних зобов'язань, і Кафес вирішив покинути ПАОК та прийняти пропозицію пірейців.
Із початку сезону 2003—2004 років Пантеліс Кафес розпочав виступи у складі «Олімпіакоса». У складі пірейського клубу футболіст провів наступні три роки своєї кар'єри гравця. Граючи у складі «Олімпіакоса» також здебільшого виходив на поле в основному складі команди. За цей час двічі виборював титул чемпіона Греції та двічі ставав володарем національного кубку, разом із командою зробивши два «золоті дублі» поспіль.
З початку сезону 2006—2007 років Пантеліс Кафес став гравцем клубу клубу АЕК. Тренерським штабом нового клубу також розглядався як гравець «основи». У сезоні 2009—2010 року обирався капітаном команди.[1] У складі клубу став володарем Кубку Греції сезону 2010—2011 років.
У 2012 році контракт Кафеса із АЕКом завершився, і він вирішив спробувати свої сили в закордонному клубі. Грецький півзахисник побував на перегляді в шотландському«Рейнджерсі»[2], але саме тоді в титулованого клубу з Глазго розпочались фінансові проблеми, і грек вирішив повернутись на батьківщину, де продовжив ігрову кар'єру у клубі «Верія» зі свого рідного міста, за команду якого виступав протягом сезону 2012—2013 років. У лютому 2013 року Кафес знову виявив бажання продовжити свою кар'єру за кордоном, та побував на перегляді у клубі MLS«Філадельфія Юніон»[3], проте перебування за океаном не завершилось підписанням контракту, і футболіст повернувся на батьківщину. По закінченню чемпіонату Греції 2012—2013 Пантеліс Кафес завершив ігрову кар'єру.
Виступи за збірну
Пантеліс Кафес із 17 років залучався до ігор за молодіжну збірну Греції, за яку зіграв 17 матчів, та відзначився 3 забитими м'ячами. У квітні 2001 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Греції у грі проти збірної Хорватії. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 11 років, провів у формі головної команди країни 41 матч, забивши 3 голи.
У складі збірної був учасником чемпіонату Європи 2004 року у Португалії. Хоча Кафес жодного разу не виходив на поле у фінальному турнірі, а постійно знаходився у запасі «галлано-лефкі», він разом з усією командою здобув у цьому розіграші титул континентального чемпіона. Пантеліс Кафес також був у складі команди Греції на Кубку конфедерацій 2005 року у Німеччині, але також не виходив на поле.
