Окниця була заснована як залізнична станція у 1890 році при будівництві Новоселицької гілки Південно-Західних доріг, що починалася від Жмеринки та Слобідки, сходилася в Окниці і закінчувалася в Новоселиці. Лінія будувалася протягом п'яти років (із 1892 по 1897 рр.), її довжина становила 520 верст. Окниця була закладена на перетині двох гілок, Новоселицької і Могилівської, на 247-й версті від Слобідки.
1898 року в Окниці було 45 власників землі загальною площею 8 десятин 1660 сажнів.
1903 році на станції Окниця завершується будівництво залізничного вокзалу.
1904 року в місті проживало 3 240 осіб, була церква, школа із двома класами і земство.
До 1910 року тут діяли основне паровозне депо, майстерні для малого ремонту паротягів і вагонів, містилося управління учасниками шляху й тяги. Бессарабські вантажі через Окницю надходили на головну магістраль Південно-Західних залізниць та до провінцій Австро-Угорщини.
