У дорослому футболі дебютував 2009 року виступами за другу команду зальцбурзького клубу «Ред Булл», в якій провів два сезони, взявши участь у 13 матчах чемпіонату. В сезоні 2010/2011 почав залучатися до складу основної команди «биків», відразу почавши регулярно виходити на поле в офіційних матчах.
31 серпня 2016 року Гінтереггер приєднався до німецького клубу «Аугсбург» за дворічним контрактом.[1][2] Дебютував за клуб 11 вересня 2016 року у грі проти «Вердер», яка завершилась перемогою з рахуном 2:1.[3] У грудні 2016 року він забив свій перший гол у Бундеслізі, який став переможним над своїм колишнім клубом «Боруссією» (Менхенгладбах).[4]
За «Аугсбург» Гінтереггер провів загалом 83 матчі, в яких забив п'ять м'ячів.[5] Перші два сезони «Аугсбург» фінішував у середині таблиці, перш ніж у сезоні 2018—2019 команда потрапила до ігор на виліт.
«Я не можу сказати про нього нічого позитивного і не скажу нічого негативного.»' — Мартін Хінтереггер про головного тренера Мануеля Баума після програшу «Боруссії» (Менхенгладбах) у січні 2019 року.[6]
Після поразки 26 січня 2019 року від «Боруссії Менхенгладбах» з рахунком 2:0 Хінтереггер публічно розкритикував головного тренера Мануеля Баума в інтерв'ю виданню Bayerischer Rundfunk.[6] У відповідь клуб оштрафував його, відсторонив від командних тренувань і невдовзі оголосив, що Гінтереггер може шукати новий клуб.[7][8]
У січні 2019 року був відданий в оренду «Айнтрахту» (Франкфурт-на-Майні).[9] У липні 2019 року він був офіційно перейшов в той самий клуб за умовою викупу. У грі проти мюнхенської «Баварії» 23 травня 2020 року Гінтереггер забив два м'ячі та автогол.
23 червня 2022 року Айнтрахт Франкфурт оголосив про негайне розірвання контракту Гінтереггера за взаємною згодою, після чого він пішов у відставку з професійного футболу.[10]
Виступи за збірні
2008 року дебютував у складі юнацької збірної Австрії, взяв участь у 12 іграх на юнацькому рівні.
Протягом 2010—2013 років залучався до складу молодіжної збірної Австрії. На молодіжному рівні зіграв у 13 офіційних матчах.
19 листопада 2013 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Австрії, провівши на полі усю товариську гру проти збірної США. Наразі провів у формі головної команди країни 43 матчів, забив 4 голи.
↑FCA-Spielplan. FC Augsburg(нім.). Архів оригіналу за 2 липня 2017. Процитовано 27 червня 2022. Hinteregger: Mit einem Sieg das Debüt zu bestreiten ist ein optimaler Start. Wir wollten den Dreier und haben viel investiert und haben deswegen insgesamt verdient gewonnen. Auf diesem Weg wollen wir weitermachen.