З 1930 року — на керівній комсомольській та партійній роботі. У 1938 році закінчив Московський інститут народного господарства. Напередодні та на початку Німецько-радянської війни перебував на партійній і господарській роботі в Харкові і Києві. На момент початку війни обіймав посаду заступника голови правління Укоопспілки.
З перших днів Німецько-радянської війни Маликов брав участь в організації евакуації промислових підприємств і населення України на схід. З грудня 1941 року — на фронті. Однак невдовзі був відкликаний в Український штаб партизанського руху (УШПР), де очолював відділ матеріально-технічного забезпечення.
У жовтні 1942 року був призначений керівником оперативної партизанської групи по Житомирській області і як уповноважений УШПР закинутий у тил противника на територію Житомирщини для організації партизанського і підпільного руху. З грудня 1942 року — член Житомирського обласного штабу партизанського руху, уповноважений ЦК КП(б)У з організації партизанського підпілля і партизанського руху на Житомирщині.
Після об'єднання окремих партизанських загонів Маликова було призначено командиром з'єднання імені Миколи Щорса, 14 грудня 1943 року реорганізованого в партизанську дивізію. 27 травня 1943 Степана Федоровича затверджено на посаду 1-го секретаря Житомирського підпільного обкому КП(б)У, яку він займав до травня 1944 року.
Саме під керівництвом Маликова були встановлені надійні зв'язки з підпіллям міст і сіл, визначені завдання окремим загонам і групам, які в результаті були повністю виконані. Маликов організував тісну взаємодію і якісний зв'язок з партизанськими з'єднаннями Сабурова, Федорова, Наумова, Ковпака, партизанами Білорусі.
З травня по жовтень 1944 року — заступник голови виконавчого комітету Київської обласної ради депутатів трудящих.
У жовтні 1944 — червні 1949 року — заступник наркома (міністра) торгівлі Української РСР.
У червні 1949 — червні 1956 року — голова правління Української спілки споживчих товариств (Укоопспілки).
До 1973 року — 1-й заступник міністра торгівлі Української РСР.
З 1973 року — на пенсії. Продовжував працювати до 1983 року директором Інституту підвищення кваліфікації керівних працівників і спеціалістів торгівлі Міністерства торгівлі СРСР.