Народився 28 травня1807 року у Мотьє (Швейцарія). Жан Луї був сином протестантського пастора в приході Мотье, на північно-східному березі Муртенського озера. Перший час Агассіс виховувався вдома. Потім провів 4 роки в гімназії Бьена і закінчив свою початкову освіту в академії Лозанни.
У 1826 році професор Мартіус запропонував Агассісу взяти участь в дослідженні прісноводних риб Бразилії і річки Амазонки. Агассіс прийняв цю пропозицію і займався в цій області до кінця свого життя.
У 1829 році Агассіс здобув ступінь доктора філософії в Ерлангені, а в 1830 році здобув ступінь доктора медицини в Мюнхені.
У період з 1832 по 1845 роки був професором природної історії в університеті Невшателя.
Свої наукові дослідження Агассіс проводив у сферах іхтіології та гляціології. 1833 року починає роботу над п'ятитомною працею «Вивчення викопних риб». Ця праця започаткувала нову науку — палеоіхтіологію.
Дослідження вченого у галузі гляціології лягли в основу вчення про льодовикові періоди в історії розвитку Землі. Результати його досліджень викладені в книзі «Вивчення глетчерів». Ця робота вийшла у 1840 році й вважається деякими істориками науки його головною працею.
У 1846 році Агассіс перетнув Атлантику, проводячи дослідження з геології Сполучених штатів, а також провів курс лекцій в інституті Лоуелла в Бостоні. В ході цієї роботи Агассіс вирішив оселитися в Сполучених штатах, куди незабаром переїхав і провів там решту свого життя.
У 1847 році Агассіс був призначений професором зоології та геології в Гарвардському університеті[15].
У 1851 році Агассіс був призначений професором анатомії в медичному коледжі Чарльстону, в Південній Кароліні[16].
У 1865—1866 роках Агассіс з дружиною здійснив експедицію до Бразилії, в яку він поїхав з групою помічників. В результаті експедиції він випустив розповідь «Подорож до Бразилії» в 1868 році.
У 1871 році він здійснив другу експедицію, відвідавши південні береги північноамериканського континенту.
У 1873 році Джон Андерсон з Нью-Йорка передав Агассісу острів Пенікезе в бухті Баззард на східному узбережжі й надав йому суму 50 000 доларів для розвитку його школи природних наук, присвячену вивченню морської зоології. Однак через погане здоров'я Агассіс не зміг закінчити цей проєкт[15].
Був непримиренним противником теорії природного відбору та еволюції видів, він відстоював вчення Кюв'є про те, що різноманітність видів є результатом божественного втручання і відображає розмаїття ідей та їх асоціацій в божественному розумі.
Велику частину часу Агассіс присвятив викладацькій діяльності, а також активно займався створенням музеїв при університетах. Зокрема, саме він заснував музей порівняльної зоології в Кембриджі, брав участь у створенні музеїв у Бостоні, Чикаго і Нью-Йорку.
Родина
Агассіс був двічі одружений. З першою дружиною у нього був єдиний син Александр Агассіс, що народився у 1835 році й став одним з видатних учених свого часу. У 1850 році дружина Агассіса померла і він одружився вдруге на Елізабет Кабот Кері з Бостона.
Смерть
Александер Агассіс помер 14 грудня 1873 в Кембриджі та був похований на кладовищі Маунт-Оберн в штаті Массачусетс[15].