Північна частина Каліфорнійської долини, відома як долина Сакраменто[en], лежить у басейні річки Сакраменто, а долина Сан-Хоакін, яка займає більшу частину півдня Каліфорнійської долини — у басейні річки Сан-Хоакін[en]. Сакраменто та Сан-Хоакін беруть початок у високих горах на сході, після чого стікають у Центральну долину, зливаються посередині регіону, утворюючи велику внутрішню дельту[en], та впадають у затоку Сан-Франциско, яка займає прогалину у Каліфорнійських Прибережних хребтах.
Об'єм річкового стоку у Сакраменто, Сан-Хоакіні та їх притоках змінюється залежно від сезону, збільшуючись із початком зимових дощів та з весняним таненням снігів у Сьєрра-Неваді, та зменшуючись протягом більш сухих літніх та осінніх місяців. Раніше у заплавах річок існували широкі сезонні водно-болотні угіддя, які наповнювалися водою взимку і навесні та висихали влітку і восени. Також під час вологого сезону у погано дренованих районах виникали менші ефемерні водойми[en]. Опади, що випадали протягом року, поповнювали великий прісноводний водоносний горизонт під Каліфорнійською долиною.
Наразі стік у багатьох річках, що стікають у Каліфорнійську долину, регулюється греблями, розташованими вище за течією. Навесні греблі затримують воду, яка використовується влітку для зрошення сільськогосподарських угідь. Багато сезонних водно-болотних угідь були осушені, зокрема більша частина дельти Сакраменто та Сан-Хоакіну. Водоносний горизонт, що лежить під долиною, також використовується для зрошення сільськогосподарських угідь та водопостачання поселень. За останні десятиліття рівень ґрунтових вод значно впав на більшій частині регіону. Раніше тут розташовувалися великі прісноводні озера, зокрема Туларе[en] (найбільше прісноводне озеро в США на захід від Міссісіпі), Буена-Віста[en] та Керн[en]. Ці озера та навколишні сезонні водно-болотні угіддя наразі здебільшого осушені та перетворені на орні землі.
Клімат
На більшій частині Центральної долини Каліфорнії переважає середземноморський клімат (Csa за класифікацією кліматів Кеппена), в басейні Туларе на півдні регіону — напівпустельний клімат (BSk за класифікацією Кеппена), а на крайньому півдні екорегіону — пустельний клімат (BWk або BWh за класифікацією Кеппена). Загалом клімат регіону більш посушливий, ніж у високогірних районах на сході та заході, але більш вологий, ніж у пустелях на сході та півдні. Західна сторона Каліфорнійської долини, яка знаходиться в дощовій тіні Каліфорнійських Прибережних хребтів, як правило, більш посушлива, ніж східна сторона. З просуванням з півночі на південь середньорічна кількість опадів зменшується від 750 мм до 250 мм. Літо в регіоні спекотне та сухе, а зима м'яка або прохолодна та відносно волога. 90 % опадів випадають у період з жовтня по квітень. Влітку температура в регіоні регулярно підіймається до 40 °C, а взимку, принаймні на якийсь короткий період, — опускається нижче 0 °C.
Флора
Історично Каліфорнійська долина підтримувала різноманітні екосистеми, у яких домінували багаторічнітрави, зокрема прерії, дубові савани[en] та напівпустельні луки (на крайньому півдні), а також мозаїку прибережних лісів, прісноводних боліт та ефемерних водно-болотних угідь. Тут були поширені одні з найбільш різноманітних, продуктивних та самобутніх луків у Північній Америці.
Місцеві луки Каліфорнійської долини були змінені настільки давно, а їх залишків залишилося так мало, що видовий склад цих луків залишається не до кінця зрозумілим. Зазвичай вважається, що найбільш поширеним видом трав в екорегіоні була пурпурова голкова трава[en] (Nassella pulchra). Однак деякі екологи вважають, що цей опортуністичний вид не був початковим домінантом, проте він став більш поширеним після початку деградації луків. Натомість лужний спороболус[en] (Sporobolus airoides) є важливою трав'янистою рослиною, яка, ймовірно, раніше домінувала на луках, але наразі її ареал дуже обмежений. Біологічно багаті угруповання, у яких домінує цей вид, зустрічаються у Державному парку луків Великої долини[en]. Ця природоохоронна територія площею 11,44 км² розташована у північній частині долини Сан-Хоакін.
По всій Каліфорнійській долині зустрічаються рослинні угруповання, пов'язані з ефемерними водоймами, що сезонно заповнюються водою навесні. Відомо про існування кількох типів таких водойм, зокрема про солоні або лужні водойми у западинах, про терасові водойми, що зустрічаються на стародавніх надзаплавних терасах та про водойми, пов'язані з вулканічними ґрунтами. Рослинність, що зустрічається навколо цих водойм, часто включає багато унікальних ендеміків, таких як колюча тукторія[en] (Tuctoria mucronata). Вологою весною навколо ефемерних водойм зростають різноманітні квіти, які зникають після того, як вода спадає.
У заплавах великих річок та озер Каліфорнійської долини раніше зустрічалися великі прісноводні болота, на яких переважали зарості ситника (Juncus spp.), гострої куги (Schoenoplectus acutus), рогозу (Typha spp.) та осоки (Cyperaceae), верболози та різноманітні водні рослини. Також у заплавах Сакраменто, Сан-Хоакіну та їх великих приток зустрічалися прибережні ліси, основу яких складали верби (Salix spp.), каліфорнійські платани[en] (Platanus racemosa), ясенелисті клени (Acer negundo), тополі Фремонта[en] (Populus fremontii) та долинні дуби (Quercus lobata). У нижній течії Сакраменто та Сан-Хоакіну ці ліси утворювали смугу завширшки до 30 км. На відміну від багатьох каліфорнійських лісів, у прибережних лісах дерева скидають своє листя взимку, можливо, через прохолодні та туманні умови, що панують в цей час у багатьох частинах річкових долин. У залишках прибережних лісів зустрічаються деякі рідкісні види рослин, зокрема пухнастоплоді гібіски[en] (Hibiscus lasiocarpos).
У екосистемах, пов'язаних з ефемерними водоймами, зустрічаються рідкісні види безхребетних, зокрема ендемічні дельтові зелені жуки[en] (Elaphrus viridis) та бузинові жуки-вусачі[en] (Desmocerus californicus dimorphus). Також з цими унікальними середовищами існування пов'язані кілька ендемічних видів водних безхребетних, зокрема голих зяброногів (Anostraca) та щитнів[en] (Notostraca).
Збереження
Каліфорнійська долина — це основний сільськогосподарський регіон Каліфорнії. Хоча регіон включає менше 1 % від всіх сільськогосподарських угідь США, він виробляє 25 % всіх продуктів харчування в країні, зокрема 40 % фруктів і горіхів. Сільське господарство регіону спирається на інтенсивне зрошення; лише близько однієї чверті посівних площ не зрошується. Основними культурами, що вирощуються на полях і в садах Каліфорнійської долини, є рис, мигдаль, абрикоси, оливки, виноград, бавовник, різноманітні овочі та цитруси. Також в регіоні розвинене молочне скотарство. Хоча сільське господарство тут є економічно диверсифікованим у тому сенсі, що в регіоні вирощується багато різних видів культур, більшість із них існують у формі великомасштабних промислових монокультур, і майже немає традиційного диверсифікованого землеробства, коли на одній невеликій території висаджуються кілька видів культур, і при цьому на фермі залишається місце для незайманих куточків дикої природи. Хоча Каліфорнійська долина менш урбанізована, ніж прибережні райони Каліфорнії, тут є кілька відносно великих міст, зокрема Сакраменто, столиця Каліфорнії, та Фресно, у яких проживає понад півмільйона людей, а також кілька менших міст, таких Бейкерсфілд, Стоктон, Модесто, Реддінг та Чико.
Розвиток сільського господарства, розширення міст, зміна режиму пожеж та гідрологічного режиму річок, надмірний випас худоби, а також поширення інтродукованих видів рослин та тварин призвели до знищення та деградації природних ландшафтів екорегіону. Наразі на луках Каліфорнійської долини переважають інтродуковані однорічні трави, які подекуди майже на 99 % витіснили місцеві багаторічні види. За оцінками, більше 66 % ефемерних водойм регіону були знищені, причому більшість незайманих водойм залишилися на високих терасах. З приблизно 4000 км² прибережних лісів наразі залишилося 416 км², однак лише 40 км² прибережних лісів, або 1 % від їх початкової площі, можна вважати незайманими. Від початкової площі прісноводних боліт залишилося лише близько 6 %, причому ті болота, що залишилися, значно деградували та активно використовуються у вирощуванні качок, в якості водосховищ або відстійників стічних вод. Будівництво гребель та забруднення продовжують загрожувати високому біорізноманіттю прісноводних екосистем регіону.