26 квітня 1926 постановою ВЦВК КЧАО була розділена і утворена Карачаєвська автономна область (у складі Ставропольського краю) з центром у новому місті Мікоян-Шахар (потім Клухорі, нині Карачаєвськ).
Указом Президії Верховної Ради СРСР Карачаєвська автономна область ліквідована 12 жовтня 1943, а карачаєвці були оголошені пособниками фашистських військ і 2 листопада 1943 року їх депортовано в Середню Азію і Казахстан. Південна частина Карачаю відійшла до Грузії (як Клухорський район), а більша частина була приєднана до Ставропольського краю.
9 січня 1957, у зв'язку з реабілітацією карачаївців, Карачай знову став частиною відтвореної Карачаєво-Черкеської автономної області у складі Ставропольського краю. При цьому, в поєднання в одному суб'єкті черкесів і карачаївців мало на меті попарне стримування націоналізму. Цей же принцип використовувався при створенні Чечено-Інгушетії і Кабардино-Балкарії.
За часів параду суверенітетів і розпаду СРСР 30 листопада 1990 КЧАО вийшла зі складу Ставропольського краю і стала Карачаєво-Черкеською Радянською Соціалістичною Республікою (КЧРСР) в складі РРФСР, що затверджено постановою Верховної Ради РРФСР 3 липня 1991.
У жовтні 1989 і червні 1990 скликані карачаївським національним рухом «Джамаг'ат» з'їзди народу Карачая звернулися до керівництва РРФСР з проханням про відновлення окремої автономії Карачая (одночасно Черкесія могла стати частиною іншої республіки з усіх населених адигських народом земель — Адигеї і Кабарди).
18 листопада 1990 на з'їзді карачаївських депутатів усіх рівнів була проголошена Карачаєвська Радянська Соціалістична Республіка[1] у складі РРФСР, що не було визнано керівництвом РРФСР.
13 липня 1991 на з'їзді карачаївських депутатів знову підтверджено рішення створити окреме державне утворення Карачаєвська Республіка[1] у складі РРФСР, що не було визнано керівництвом РРФСР. Карачаєвська Республіка проголошена 17 жовтня 1991 на з'їзді депутатів Карачая всіх рівнів.
З 17 листопада 1991 на багатоденному мітингу руху «Джамаг'ат» і 3 грудня 1991 в постанові Верховної Ради Карачаєво-Черкесії знову були прийняті звернення до федерального центру про визнання Карачаєвської Республіки. 3 грудня 1991 постановою Верховної Ради Карачаєво-Черкесії було прийнято звернення до федерального центру про визнання окремих республік.
Після референдуму 28 березня 1992, на якому більшість населення Карачаєво-Черкесії висловилося проти поділу, поділ узаконено не було, і Карачай залишився частиною Карачаєво-Черкесії (з 16 жовтня 1992 — Карачаєво-Черкеська Республіка).
¹ У цьому розділі зазначені тільки ті члени Конфедерації народів Кавказу, які проголосили створення своєї республіки, але не змогли втілити цю декларацію. ² Жодна з проголошених автономій, що увійшли до складу Союзу козацьких республік, не відбулася.