У 1995 році Жуніор Баяно перейшов у німецький «Вердер»[4], за який провів 32 матчі і забив 2 голи. На наступний рік він повернувся у «Фламенго». Там він перебував два сезони, зігравши в 99 матчах і забивши 11 голів[5]. Потім захисник виступав у «Палмейрасі», який купив концерн Parmalat[6], з яким виграв Кубок Меркосур, а потім Кубок Лібертадорес[7]. У 2000 році він перейшов у стан «Васко да Гама», з яким виграв чемпіонат країни, Кубок Меркосур і Кубок Гуанабара.
У 2004 році Баяно втретє став гравцем «Фламенго», знову перемагаючи з клубом: захисник відсвяткував перемогу в Кубку Гуанабара і чемпіонаті штату. У той же час він викликався в суд для дачі свідчень у справі про незаконний обіг наркотиків[8].
В наступному році Баяно з Бразилією поїхав на чемпіонат світу, де бразильці дійшли до фіналу, програвши у вирішальному матчіФранції[12]. Ця гра стала останньою для Жуніора у футболці збірної Бразилії[13].
