Народився 9 липня1995 року в місті Лісабон. Розпочав грати у футбол в невеликих клубах «Алта де Лісабон» та «Сакавененсе», а 2012 року потрапив до академії «Спортінга». З 2014 року став виступати за резервну команду «Спортінг» Б, в якій за півтора роки взяв участь у 19 матчах Сегунда-ліги.
В липні 2015 року для отримання ігрової практики Жуан на правах оренди перейшов в «Морейренсе»[1]. 16 серпня в матчі проти «Ароуки» він дебютував у Сангріш-лізі, вищому дивізіоні країни[2] і загалом провів за сезон 29 ігор, після чого ще пів року провів в оренді в іншій вищоліговій команді «Белененсеш»[3].
На початку 2017 року Пальїнья повернувся в «Спортінг»[4] і 21 січня в матчі проти «Марітіму» (2:2) дебютував за основний склад[5]. Втім основним гравцем Жуан стати не зумів і паралельно виступав також за резервну команду.
В результаті у серпні 2018 року Пальїнья був відданий в оренду в «Брагу». У матчі проти «Санта-Клари» він дебютував за новий клуб. 26 серпня в поєдинку проти «Авеша» (3:1) Жуан забив свій перший гол за «Брагу»[6]. Всього за два сезони у команді півзахисник зіграв за клуб 76 матчів в усіх турнірах, забивши 6 голів[7], і у 2020 році допоміг клубу виграти Кубок португальської ліги.
Повернувшись до «Спортінга», у першому ж сезоні 2020/21 він виграв з командою чемпіонат Португалії та кубок ліги. Станом на 23 травня 2021 року відіграв за лісабонський клуб 45 матчів в національному чемпіонаті.
↑Miroto Simões, Luís (4 січня 2017). Palhinha: «Regresso agora a casa» [Palhinha: "I return home now"]. Record(порт.). Архів оригіналу за 26 липня 2018. Процитовано 28 серпня 2017.