У дорослому футболі дебютував 1998 року виступами за «Лодіджані» у Серії С1, в якій взяв участь лише у 5 матчах чемпіонату.
У рік свого дебюту в чемпіонаті Італії, він був куплений «Фіорентиною», за яку провів наступні три роки, зігравши у 42 матчі і забивши 1 гол. У складі «фіалок» Моретті виграв свій перший трофей — Кубок Італії у 2001 році, зігравши в тому числі в обох фінальних матчах проти «Парми».
Влітку 2002 року Моретті перейшов в «Ювентус». У складі «Старої Синьйори» Моретті не зміг завоювати місце в основному складі: він провів лише 8 матчів в серії А, однак виграв чемпіонат і Суперкубок Італії. На початку 2003 року Еміліано був орендований «Моденою», за яку провів 9 ігор.
Влітку 2003 року Моретті перейшов в «Парму», яка віддала зав гравця 1,8 млн євро та півзахисника Стівена Аппіа, однак після предсезонних зборів був відданий в оренду «Болоньї», за яку зіграв в 32 іграх матчах чемпіонату у наступному сезоні.
У 2004 році Моретті перейшов у іспанську«Валенсію», куди його запросив головний тренер команди, співвітчизник Клаудіо Раньєрі. В матчі Суперкубка УЄФА, який «Валенсія» виграла, Моретті не потрапив у заявку і спостерігав за матчем з трибун. Він дебютував у чемпіонаті Іспанії18 вересня2004 року в матчі з «Реал Сосьєдадом» (3:1). 28 листопада того ж року, в матчі 13-го туру чемпіонату Іспанії, Моретті забив свій перший гол за «Валенсію», вразивши ворота «Мальорки». Якщо в перший сезон Моретті конкурував за місце в основі з Амедео Карбоні і Фабіо Ауреліо, виступаючи на позиції лівого та центрального захисника, то в подальші сезони він став гравцем основного складу команди. 10 лютого2008 року Моретті досяг позначки в 100 матчів за «кажанів» і в тому ж році допоміг команді виграти Кубок Іспанії, зігравши у всіх 9 матчах турніру.
11 липня2009 року Моретті був куплений «Дженоа», який заплатив за трансфер захисника 3,8 млн євро. Дебютував за генуезців23 серпня у матчі проти «Роми» (3:2), а вже за тиждень Моретті забив гол у ворота «Аталанти» (1:0). Всього Моретті захищав кольори клубу протягом чотирьох сезонів, зігравши 121 матч в усіх турнірах.
11 липня2013 року Моретті перейшов в «Торіно» за 700 тис. євро, підписавши дворічний контракт[1]. Відтоді встиг відіграти за туринську команду 84 матчі в національному чемпіонаті.
9 листопада2014 року Моретті був вперше викликаний до національної збірної головним тренером Антоніо Конте. 18 листопада 2014 року Еміліано дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Італії в товариській грі проти збірної Албанії (1:0) в результаті чого він у віці 33 років, 5 місяців і 7 днів став найстарішим гравцем, що дебютував у італійській збірній[2].
Наразі провів у формі головної команди країни 2 матчі.