Точний час винаходу джонки невідомо, під час династії Хань вони вже були широко поширені. У ранньому середньовіччі джонки використовувалися у військових цілях, вже тоді запливаючи у води Індонезії і навіть Індії.
З переходом військового флоту на парову основу джонка зберігала значення високоманевреного вантажного судна. У деяких районах В'єтнаму джонки використовуються і досі, як плавуче житло.