Починаючи з 1549 року, з часу прибуття Франциска Ксав'єра до Японії, християнство пустило тут глибоке коріння. На кінець XVI століття кількість японських християн нараховувала 300 000 чоловік. Тривалий час Японія була місцем проповідування португальських єзуїтів, членів Товариства Ісуса, до якого місцева влада ставилася прихильно. Лише після прибуття до Японського архіпелагу іспанських місіонерів з інших католицьких орденів, почалися конфронтації між ними і місцевими єзуїтами.
Хоча конкуренція католицьких організацій в Японії пришвидшувала християнізацію місцевого населення, вона негативно позначилася на цілісності японської церкви, різні фракції якої стали використовувати японський уряд для нейтралізації опонентів. Пов'язавши себе із різними політичними угрупованнями в середині японської владної системи, християни потрапили в залежність від результатів боротьби цих угруповань.
З посиленням в Японії пробуддистської партії васалів Тойотомі Хідейосі проповідування християнства було заборонено у 1587 і 1596 роках. Попри заборону, християнські місіонери продовжували свою роботу у підпіллі. 5 лютого 1597 року, через непослух цивільній владі, Тойотомі Хідейосі наказав розіп'яти 26 місіонерів і вірних у Наґасакі як пересторогу християнським державам Європи не поширювати в його країні християнство. Ці 26 осіб були визнані Римом мучениками і канонізовані 8 червня1862 року папою Пієм IX.
Страти християн тільки розпалили серця місіонерів, які стали частіше прибувати до Японії. Лише жорстокі заходи японської влади змогли зупинити їхній потік. Масові старти і репресії тривали до 1630-х років і закінчилися введенням в Японії політики ізоляції від Заходу.