2002 року підписав перший контракт з «Генчлербірлігі»[1], проте потрапити до основи команди не зумів і 2003 року був відданий в фарм-клуб «Хасеттепе», де і виступав до 2007 року. Більшість часу, проведеного у складі «Хасеттепе», був основним гравцем захисту команди.
Влітку 2007 року Генюль перейшов до «Фенербахче», підписавши чотирирічний контракт. У новій команді Гекхан відразу закріпився в основі і став з «канарками» дворазовим чемпіоном Туреччини, дворазовим володарем Кубка Туреччини, а також триразовим володарем Суперкубка Туреччини. Відіграв за стамбульську команду 253 матчі в національному чемпіонаті.
Влітку 2016 року досвідчений захисник прийняв пропозицію приєднатися до лав діючого чемпіона Туреччини «Бешикташа».
Виступи за збірну
17 листопада2007 року дебютував в офіційних іграх у складі національної збірної Туреччини в товариському матчі проти Норвегії та в першій же грі віддав результативний пас. На Євро-2008, в якому Туреччина дійшла до півфіналу, не зміг взяти участь через травму, яку отримав незадовго до початку чемпіонату[2]. Тож на великих турнірах у складі збірної дебютував вже у 31-річному віці, взявши участь у Євро-2016.
Наразі провів у формі головної команди країни 66 матчів, забивши 1 гол.