У 1945 році після закінчення війни Вайскопф був прийнятий на посаду ад'юнкт-професора фізики в Массачусетський технологічний інститут, однак отримав дозвіл закінчити свою роботу в Лос-Аламосі. У 1946 році він повернувся в інститут уже на посаді повного професора і трохи пізніше очолив теоретичну групу, яка працювала в області ядерної фізики. У співавторстві з Джоном Блаттом Вайскопф написав підручник «Теоретична ядерна фізика» (англ.«Theoretical Nuclear Physics»), що є одним з найбільш затребуваних підручників в цій області знань.
У 1949 році Вайскопф став членом комітету науковців з питань безпеки, головою якого був Альберт Ейнштейн. Комітет наполягав на контролі за атомним озброєнням і робив спроби зблизити погляди Сходу і Заходу в питаннях атомної безпеки. Вайскопф був одним з учасників маніфесту проти водневої бомби в 1950 році й брав участь у компанії з обміну вченими між США і країнами решти світу.
У 1961 році Вайскопф переїхав до Женеви в CERN. Тут до 1965 року він обіймав посаду генерального директора і очолював міжнародну дослідну установу, яка має другий за потужністю прискорювач заряджених частинок в світі. Під його керівництвом CERN став одним з провідних наукових інститутів світу.
У 1966 році Вайскопф повернувся в Массачусетський технологічний інститут, де отримав ранг інститутського професора. У 1967—1973 роках він очолив фізичний факультет, де створив групу, яка згодом стала Центром теоретичної фізики в інституті. 20 липня 1974 Вайскопф офіційно пішов на пенсію.
Після відходу з інституту Вайскопф розгорнув бурхливу діяльність із залучення уваги громадськості до питань ядерної безпеки. У 1983 році в інтерв'ю він назвав ядерну бомбу «тінню свого життя».