Провулок виник на початку XX століття під сучасною назвою.
До початку 1970-х років простягався до вулиці Миколи Садовського. Скорочений у зв'язку зі спорудженням дев'ятиповерхового житлового будинку № 19. Про колишню протяжність Бондарського провулку свідчать адреси і фактичне розташування будинків № 7-А і № 11[1], а також те, що будинок І.С. Їжакевича (вулиця Миколи Садовського, 8а) раніше значився під адресою «Бондарський провулок, 15». Колишня кінцева частина провулку нині пролягає як безіменний проїзд.
Цікаві факти
На парному боці провулку значиться лише один об'єкт під № 14.
Установи та заклади
Міське бюро судово-медичної експертизи (буд. № 7-А)
Приймальник-розподільник для дітей ГУНП м. Києва (буд. № 14)