Межі Бабаєвського району визначаються законом Вологодської області від 6 грудня 2004 року № 1105-ОЗ з наступними змінами: 2 лютого 2005 року, 2 липня 2008, 13 квітня 2009 року[3].
Спочатку до складу району входило 1 міське і 18 сільських поселень. 13 квітня 2009 деякі сільські поселення були об'єднані. На 21 листопада 2009 року до складу району входять: 1 міське поселення та 10 сільських поселень:
.svg)
