З озера витікає річка Патсойокі, якою озеро сполучається з Баренцевим морем. Стік регулюється російською ГЕС "Кайтакоскі" згідно з угодою «Про регулювання водного режиму озера Інарі допомогою гідроелектростанції Кайтакоскі». Вона була підписана в 1959 році між урядами СРСР, Норвегії та Фінляндії. Предметом угоди є контроль за рівнем води в озері Інарі, що знаходиться на території Фінляндії, і річки Патсйокі, що протікає територією Фінляндії, Росії та Норвегії.
На річці Патсйокі розташовано сім гідроелектростанцій, з них 5, об'єднані в Каскад ГЕС ВАТ «ТГК-1» і 2 входять в енергетичний комплекс Норвегії. Регулюючою станцією водної системи є ГЕС "Кайтакоскі" — перша із станцій, що безпосередньо впливає на рівень води, необхідний для функціонування станцій, розташованих нижче за течією.
Для оперативного вирішення питань, що виникають у ході роботи складного гідроенергетичного комплексу, створена тристороння комісія. У числі її основних завдань — розробка і контроль виконання графіків скидання води з озера Інарі, а також координація робіт з ремонту обладнання на російських і норвезьких ГЕС.
На озері 3318 островів, найвідоміші — Хаутуумаасаарі (острів-цвинтар), який служив кладовищем для древніх саамів, і Уконківі[en] (камінь Укко), місце жертвопринесень давніх жителів Лапландії.