Theodora'nın sebastokratōr Nikeforos Kantakuzinos'un kızı olduğu düşünülür. Akrabaları VI. İoannis'un tarihine göre, Nikeforos iç savaş sırasında Savoy'lu Anna'nın baş danışmanlarından biri olan Aleksios Apokaukos tarafından tutuklanmıştır. Nikeforos daha sonra salıverilmiş ve 1350'li yıllarda sebastokrator olarak Hadrianapolis'ü idare etmesiyle kayıtlara geçmiştir. Donald Nicol, Nikeforos'un İmparator VI. İoannis'in kuzeni olduğunu iddia eder. Theodora'nın annesi hakkında bilgi yoktur.[1]
3 Eylül 1351 tarihinde Konstantinopolis'ten Trabzon'a gelmiş, 28 Eylül günü, Aleksios ile evlenmiştir. Yeni kocası bu sırada onüçüncü yaş gününden yaklaşık bir hafta geçmişti, Theodora'nın da yaklaşık o yaşta olduğu düşünülmektedir.[2]
^Donald M. Nicol, The Byzantine family of Kantakouzenos (Cantacuzenus) ca. 1100-1460: a genealogical and prosopographical study (Washington, D.C.: Dumbarton Oaks Center for Byzantine Studies, 1969), pp. 141-143
^William Miller, Trebizond: The Last Greek Empire of the Byzantine Era, 1926 (Chicago: Argonaut, 1969), p. 55
^Halkokondiles, Eudokia'nın V. İoannis'in ikinci karısı olduğunu belirtmesine rağmen modern çalışmalar bunun kabul etmez. Bakınız Nicol, Byzantine Family, p. 137 n. 7