Ziya Doğan'ın ayrılmasından sonra 30 Ağustos 2005'te Gençlerbirliği ile anlaşmıştır. Mesut Bakkal direktörlüğünde Gençlerbirliği, Süper Ligde oynadığı 30 maçtan 14 galibiyet, 7 beraberlik ve 9 mağlubiyet alarak 2005-2006 sezonunda ligi 6. sırada bitirmiştir. 2007-2008 sezonunda Gaziantepspor'a gelen Mesut Bakkal 15. haftada teknik direktörlükten istifa etmiştir. 19. Haftada ise 2006-2007 sezonunun sonunda ayrıldığı Gençlerbirliği ile tekrar anlaşmıştır. Daha sonra tekrar Gençlerbirliği teknik direktörlüğünden istifa edip Denizlispor'u çalıştırmaya başlamıştır. Denizlispor tarafından sözleşmesi feshedildikten sonra 2009-2010 sezonunda Manisaspor ile anlaşmış, fakat takımın kötü gidişi nedeniyle 2009-2010 sezonunun 17. haftasında Manisaspor ile yollarını ayırmıştır.
24 Mart 2010 tarihinde Sivasspor'la anlaşmıştır ve 22 Ekim 2010 Cuma Sivasspor ile yolları ayrıldı.
Teknik direktör Ümit Özat'in teknik direktörlükten istifasından sonra MKE Ankaragücü teknik direktörlüğünü üstlenmiştir.
Görevine gelmesiyle beraber takımla başarılı sonuçlar almaya başlamıştır.
2011-12 sezonunun başlamasına 10 gün kala yeni yönetiminle çalışamayacağını açıklayıp istifa etmiştir.[3] Sezonun ikinci yarısının 5. haftasında ise Samsunspor'da göreve başlamıştır.
6 Mayıs 2013'te yönetimin aldığı kararla sözleşmesi feshedilmiştir ve ayrılmıştır. Aralık 2013'te ise Konyaspor'da Uğur Tütüneker'den boşalan teknik direktörlük görevine getirilmiştir.[5] İlk maçına Kayserispor karşısında çıkmış ve 0-0 berabere kalmıştır. 2014-15 sezonu başında Konyaspor kulübü ile 1 yıllık sözleşme uzatmıştır.[6]
25 Ekim 2014 tarihinde Konyaspor yönetimiyle masaya oturan Bakkal'ın sözleşmesi karşılıklı olarak feshedilmiştir.[7]
1 Temmuz 2015 tarihinde Mersin İdman Yurdu ile 1+1 yıllık sözleşme imzalamıştır.[8] 18 Eylül 2015 tarihinde Mersin İdman Yurdu'ndaki teknik direktörlük görevinden istifa etti.[9]
24 Nisan 2017 tarihinde Kayserispor ile sözleşme imzalamıştır.[10] Ligin son 6 haftasında Kayserispor'u çalıştıran Bakkal, takımı ligde tutmayı başardıktan sonra yeni sezon öncesi kırmızı sarılarla yollarını ayırdı. 2017-2018 sezonunun 3. haftası sonrasında, 31 Ağustos'ta kariyerinde 4. kez Gençlerbirliği'ni çalıştırmaya başladı.[11]Başakşehir ve Beşiktaş galibiyetlerine rağmen bir beraberlik ve 6 mağlubiyet alan Bakkal, ligin 12. haftasının sonunda Gençlerbirliği ile yollarını ayırdı.[12] 28 Şubat 2018 tarihinde Aytemiz Alanyaspor ile sözleşme imzalamıştır.[13]
