1973 yılında genelkurmay başkanı oldu. 1975'te ordunun baskısıyla Isabel Perón tarafından başkomutanlığa atandı.[2] Bu göreve başlar başlamaz ordu üst kademelerinde değişikliğe giderek Peronizm'e yakınlık duyan komutanları görevden aldı.[3] Aynı yıl Tucuman eyaletinde Marksist eylemcilere karşı başlattığı askerî harekât sırasında yüzlerce gerilla öldürüldü.[4]
24 Mart 1976'da ordunun yönetime el koymasıyla Isabel Peron cumhurbaşkanlığından uzaklaştırıldı.[1] General Orlando Ramon Agosti ve Amiral Emilio Massera'yla birlikte oluşturduğu üç kişilik bir askerî cuntanın başı olarak devlet başkanlığını üstlendi.[1] Ülkede düzen yeniden kurulduktan sonra sivil yönetime geçileceğini açıkladı, Ulusal Kongre'nin çalışmalarını durdurdu ve yasama yetkilerini dokuz kişiden oluşan bir askeri komisyona devretti.[1] Mahkemelerin, siyasi partilerin ve sendikaların çalışmaları durduruldu; bütün önemli görevlere subaylar atandı.[1] Yalnızca Mart ayının son haftasında yolsuzluk suçlamasıyla 4 bin kişi tutuklandı.[1] Bundan sonra ekonominin canlanması amacıyla Peronizm'in düzenlemelerine son vererek serbest pazar ekonomisini güçlendiren önlemler aldı. Bu önlemlerin bir ölçüde başarılı olmasına karşın emekçilerin hoşnutsuzluğu sürdü.[1]
Marksist harekete uyguladığı baskılar, bütün dünyada ağır eleştirilerle karşılandı.[1] Aynı zamanda ordunun aşırı sağcı kanadının tehditleriyle de karşı karşıyaydı.[1] Aşırı sağın sınırsız otoriterliğini benimsememekle birlikte, gazeteci ve öğretim görevlisi gibi aydınlara yönelik tutuklamaları sürdürdü.[1] 1981'de görevden çekilerek yerini General Roberto Eduardo Viola'ya bıraktı.[1]
Aralık 1983'te sivil yönetime geçilmesinin ardından Videla ve Massera cinayet suçundan yargılanarak 1985'te ömür boyu hapis cezasına mahkûm edildilerse de 1990'da Carlos Menem tarafından çıkarılan afla serbest bırakıldılar.[1] 1998'de, iktidarı sırasında gözaltında kaybolanlar nedeniyle suçlu bulundu ve 28 gün hapiste kaldıktan sonra sağlık gerekçeleriyle cezası ev hapsine çevrildi.[1]
