Vilayetler, Ritsuryō sistemi ile birlikte hem idari birimler ve hem de coğrafi bölgeler olarak kurulmuştur. Ancak geç Muromachi döneminde işlevlerini yavaşça sengoku-daimyo beyliklerine bırakmıştır. Vilayetler Toyotomi Hideyoshi egemenliği altında birincil yerel yönetim birimleri olarak desteklenmiştir. Bu dönemde yerel daimyonun yurtlukları gelişmeye başlamıştır.[1]Edo döneminde ise bu yurtluklar han adında beylikler olarak bilinmeye başlanmıştır.
Meiji Restorasyonu sırasında beylikler resmi idari birimler olarak kabul edilmişlerdir ancak daha sonra yerlerini yavaşça fu (kentsel prefektörlük) ve ken (kırsal prefektörlük) olmak üzere prefektörlüklere bırakmışlardır. Vilayetler adres sisteminin bir parçası olarak lağvedilmediler ve tersine sayıları arttırılmıştır. 1871 yılı itibarı ile Hokkaidō ile Ryūkyū Adaları dışında prefektörlüklerin sayısı 304 ve vilayetlerin sayısı 68 idi. Birçok vilayetin arasındaki sınırlar çok karmaşık değildi fakat eşleşmemekteydiler. Prefektörlükler yavaş yavaş birleşerek 1881 yılı itibarı ile sayıları 37'ye düştü ve birkaç tanesi bölünerek 1885 yılında sayıları 45'e yükseldi. Hokkaidō ve Okinawa'nın da eklenmesiyle günümüzdeki 47 prefektörlüğe ulaşılmaktadır.
Bugüne kadar vilayetlerin lağvedilmesi hakkında herhangi bir resmi bir karar yayınlanmamıştır. Vilayetler, isimleri hala yaygın olarak doğal özellikler, şirket ve marka adı olarak kullanılmalarına rağmen günümüzde eskimiş olarak kabul edilirler. 2000'lerin başında eski Nagano valisi Yasuo Tanaka prefektörlüğün adının Shinshū olarak değiştirilmesini önermiştir.
