Bakü Hanlığı, 1718-1806 yıllar arasında Azerbaycanın doğusunda hüküm süren bir hanlık.
18. yüzyılda Azerbaycan topraklarında, I. Mirza Muhammed Han tarafından kurulan hanlıklardan biridir. Mirza Muhammed Han yönetimde olduğu 20 yıl boyunca (1747-1768), ülke ekonomisinin ve ticaretinin gelişmesine çalıştı. Aynı zamanda denizci olan Mirza Muhammed Han, gerek ticari, gerekse de askeri sebeplerle, ülkede gemiciliğin ve tersanelerin gelişmesi için şahsen girişimlerde bulunup, bu konuda öncülük yaptı. Melik Muhammed Han'ın ölümünden sonra Bakü tahtına oğlu II Mirza Muhammed Han çıktı. II. Mirza Muhammed Han Azerbaycan'ın ünlü tarihçi-şair ve eğitimcisi Abbaskulu Ağa Bakıhanov'un babası idi.[1]
Bu dönemde ekonomi canlanmış olmakla birlikte, XVIII asrın sonlarında İran hükmdarı Ağa Muhammed Şah Kaçar'ın amansız ve yok edici baskınları Azerbaycan'a fazlasıyla zarar vermiştir. 1795 senesinde, Ağa Muhammed Şah Kaçar Bakü'yü ele geçirip yağmalamış olmakla birlikte,kısa bir sürede ordusuyla birlikte Şirvan'dan çekildi.
Hanlıklar döneminde Bakü Hanlığı 39 kentten ibaret idi və toplam 500 kişilik ordusu vardı.[2]
Bakü Hanlığı, Rusya-İran savaşları sonucunda Rusya topraklarına katıldı. 1813 ve 1828 yıllarında Gülistan Antlaşması ve Türkmençay antlaşmaları imzalandı. Azerbaycan Araz Nehri boyunca, Rusya ve İran arasında paylaştırılarak bölündü.