III. Murad ve Safiye Sultan'ın III. Mehmed'den sonraki ilk çocuğu olarak Manisa Sarayı'nda dünyaya geldi ve 15 Aralık 1574 yılında dedesi II. Selim'in vefatı üzerine, babası III. Murad tahta çıktı ve Ayşe Sultan ailesi ile birlikte İstanbul'a Topkapı Sarayı'na taşındı. Annesi ve babası tarafından iyi bir eğitim aldı ve 1583 yılında babaannesi Nurbanu Sultan'ın vefat ile onun gücünü annesi aldı.
Gençlik yılları
Haremin gerçek kurucusu kabul edilebilecek III. Murad, annesinin ölümünden sonra bir süre Eski Saray'da ikamet ederek Mimar Sinan'a Topkapı Sarayı'nı onartmış; Kasr-ı şerif'i (III. Murad Odası) ve Harem hamamını yaptırmıştır. Padişah, Ağustos 1585 yılında başhasekisi Safiye Sultan, hasekileri Mihriban, Nazperver, Şahhuban, Fahriye, has odalıkları ve çocukları ile yeni Hareme taşınmış, Ayşe Sultan'ın Vezir İbrahim Paşa ile evlenmesi münasebetiyle de Mayıs 1586 yılında bu haremde ilk kez görkemli bir düğün yapılmıştır. Hediye bohça ve sandıklarından çıkan cevahir işlemeli istefanlar, elmas, yakut, lal ve zümrüt işli levhler, bilezikler, duvak ve çizmeler İstanbul şekerlemecilerinin hünerlerini yansıtan şekerleme sepetleri ve tepsileri, Harem halkı için diktirilen üç bin hilat, bu düğün vesilesi ile Hareme akan zenginliği düşündürür. Bu evlilikten sonra Ayşe Sultan ve İbrahim Paşa güç kazandılar.
Ayşe Sultan babasının en sevdiği kızı idi. Bunun için iki nedeni var: annesi Safiye Sultan olması, ikincisi ise III. Murat'ın ilk kızı olması. 1595 yılında babası öldü ve yerine kardeși Mehmed tahta geçti. Ayşe Sultan çok şanslıydı; çünkü erkek olmadığı için idam edilmedi. III. Mehmed tarafından çok sevilmiş ve zevcesi 1596 yılında ilk kez Veziriazam oldukdan sonra iktidar yolu açılmıştı, ancak Ayşe Sultan siyasetle çok ilgilenmedi ve entriklarin içinde bulunmadı. 1601 yılında İbrahim Paşa öldü ve Ayşe yeni Vezirazam Yemişci Hasan Paşa'yla evlendi. 1603 yılında Yemişçi Hasan Paşa'nın idamından sonra Güzelce Mahmud Paşa ile evlendirildi. Damad İbrahim Paşa adına 1603 senesinde Şehzade Mehmet Camii haziresinde bir türbe yaptırmıştır. Ayrıca Ayşe Sultan ve Gazi İbrahim Paşa adına vakfiye kurmuştur.
Son yılları ve ölümü
Güzelce Mahmud Paşa ile evliyken 15 Mayıs 1605 yılında henüz 35 yaşındayken annesinden önce öldü. Babası III. Murad'ın türbesine defnedilmiştir.
Çocukları
Damad İbrahim Paşa türbesinde isimleri yazılı olmayan bir oğlu ve bir kızı medfundur.
