เจอาร์ สายเกียวโต (ญี่ปุ่น: JR京都線; โรมาจิ: JR Kyōto-sen) เป็นสายขบวนรถไฟชานเมืองที่ดำเนินการให้บริการโดยบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันตก (เจอาร์ ตะวันตก) ในพื้นที่มหานครเคฮันชิง และเป็นส่วนหนึ่งของทางรถไฟสายหลักโทไกโดระหว่างสถานีรถไฟโอซากะ-เกียวโต
ขบวนรถไฟชานเมืองแบ่งออกเป็น 3 ประเภท ดังนี้
นอกจากขบวนรถไฟชานเมืองทั้ง 3 ประเภทดังกล่าว ยังมีขบวนรถไฟด่วนพิเศษฮารูกะ เชื่อมระหว่างพื้นที่เกียวโต-โอซากะ กับท่าอากาศยานนานาชาติคันไซ, ภูมิภาคโฮกูริกุ และพื้นที่อื่น นอกจากนี้ขบวนรถไฟสินค้าก็เดินรถในทางรถไฟสายนี้เช่นกัน ยกเว้นแนวเส้นทางที่ใกล้กับสถานีโอซากะจะแยกแนวเส้นทางออกไป
ขบวนรถไฟธรรมดาจอดทุกสถานี ขบวนรถไฟด่วนจอดเฉพาะบางสถานีในช่วงเวลาเช้าระหว่างเกียวโต-ทากัตสึกิ
เจอาร์ สายเกียวโต เป็นส่วนหนึ่งของทางรถไฟสายหลักโทไกโด เปิดเดินรถเมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม ค.ศ.1876 ระหว่างสถานีโอซากะ-มูโกมาจิ และในวันที่ 9 สิงหาคม ปีเดียวกัน เปิดสถานียามาซากิ, อิบารากิ, ซูอิตะ และในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1877 เปิดสถานีเกียวโต ต่อมาเมื่อมีการแปรรูปมาเป็นบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันตกจึงตั้งชื่อสายนี้ว่า เจอาร์ สายเกียวโต ในวันที่ 13 มีนาคม ค.ศ. 1988