Södra kyrkogården är belägen på en skogssluttning vid Ältavägen intill Dammtorpssjöns norra spets. Kyrkogården är församlingens äldsta och minsta kyrkogård och dateras tillbaka till 1642. Ända in på 1960-talet uppläts här nya gravar. Numera sker endast gravsättningar i redan befintliga äldre familjegravar.
År 1642 uppfördes på detta område den äldsta kyrkobyggnaden i Nacka. Det var ett litet, enkelt träkapell för de familjer som arbetade vid bruken längs ån mellan Dammtorpssjön och Järlasjön. Kapellet revs på 1690-talet och ersattes år 1697 med ett nytt kapell. Detta stod kvar till 1902 då det plockades ned och såldes. Kvar finns ett nyare gråvitt målat träkapell från 1899 och en klockstapel från 1896 klädd med kopparplåt och kyrkspån. Inuti träkapellet finns en tavla med texten "År 1899 den 30 april invigdes detta kapell af Pastor Alexis Engdahl som väckt förslaget, själf gjort ritningarna och ledt alla arbeten".
Nacka kyrka invigdes 1891 och ersatte då det träkapellet från 1697, men därifrån hämtades bland annat predikstolen från 1600-talet.
