31 mars 2002 började SWISS sina flygningar under eget namn. SWISS har haft möjlighet att gå med i Oneworld trots dispyter med British Airways angående vissa långdistanslinjer. 2004 tackade SWISS dock nej till Oneworld.
Tyska Lufthansa tillkännagav i mars 2005 sin plan på att ta över SWISS, något som skedde stegvis fram till år 2007. SWISS blev i samband med detta medlem i Star Alliance under 2006.