Sverker Ek föddes i Göteborg som son till fabriksidkaren Ludvig Ek och Anne-Charlotte Håkansson. Han studerade vid Göteborgs högskola, där han 1912 tog fil.lic. med en skrift om Fredrika Bremer, och disputerade 1916 för doktorsgrad med en avhandling om Frans Michael Franzén. Samma år tillträdde han en tjänst som docent i litteraturhistoria vid samma högskola. 1932–1954 innehade han professuren där i litteraturhistoria och poetik.
I sitt första äktenskap med författarinnan Karin Lindblad (1885–1926) var han bl.a. far till förlagsredaktören Birgitta Ek och skådespelaren Anders Ek. Det andra äktenskapet ingick han 1927 med språkläraren Ingrid Häggström, med vilken han fick en son, sedermera professorn i litteraturvetenskap, Sverker R. Ek. Ek är begraven vid Breareds kyrka i Simlångsdalen.