Somrarna i Västerbotten hade redan lagt grunden till debutboken Byn med det blå huset (1959), där Sune Jonsson formulerade sin dokumentära metod. Ansatsen uppmärksammades av museimannen Per-Uno Ågren vid Västerbottens museum, som gav Jonsson i uppdrag att dokumentera avfolkningen i Västerbottens inland. Det resulterade 1962 i utställningen "Bilder från den stora flyttningen", och 1964 i boken med samma namn.[1]
Åren 1962–1965 arbetade han också som programtjänsteman vid Sveriges Radio.
Från 1968 hade han anställning som fältetnolog – en för Sverige unik tjänst – och fotograf vid Västerbottens museum i Umeå. År 2002 överlät Sune Jonsson hela sitt arkiv till museet, som 2014 kunde öppna Sune Jonsson Centrum för dokumentärfotografi.[2]
År 2008 bildades SällskapetSune Jonssons vänner, vars syfte är att medverka till att Sune Jonssons verk och minne hålls levande, och att hans samlade verk vårdas och bekantgörs.