Santo Tomás är en ort i Mexiko.[1] Den ligger i kommunen San Francisco Chapulapa och delstaten Oaxaca, i den sydöstra delen av landet, 300 km sydost om huvudstaden Mexico City. Santo Tomás ligger 1 283 meter över havet[a] och antalet invånare är 157.[1]
Terrängen runt Santo Tomás är bergig söderut, men norrut är den kuperad.[b] Runt Santo Tomás är det glesbefolkat, med 17 invånare per kvadratkilometer.[3] Närmaste större samhälle är San Bartolomé Ayautla, 16,5 km norr om Santo Tomás. I omgivningarna runt Santo Tomás växer i huvudsak städsegrön lövskog.[4]