San Pedro Ñumí är en ort i Mexiko.[1] Den ligger i kommunen San Juan Ñumí och delstaten Oaxaca, i den sydöstra delen av landet, 280 km sydost om huvudstaden Mexico City. San Pedro Ñumí ligger 2 152 meter över havet[1] och antalet invånare är 687.[1]
Terrängen runt San Pedro Ñumí är kuperad.[a] Runt San Pedro Ñumí är det glesbefolkat, med 8 invånare per kvadratkilometer.[3] Närmaste större samhälle är Heroica Ciudad de Tlaxiaco, 12,0 km söder om San Pedro Ñumí. I omgivningarna runt San Pedro Ñumí växer huvudsakligen savannskog.[4]