San Miguel är en ort i Mexiko.[1] Den ligger i kommunen San Gregorio Atzompa och delstaten Puebla, i den sydöstra delen av landet, 90 km sydost om huvudstaden Mexico City. San Miguel ligger 2 143 meter över havet[1] och antalet invånare är 218.[1]
Terrängen runt San Miguel är platt åt nordost, men åt sydväst är den kuperad.[a] Runt San Miguel är det tätbefolkat, med 683 invånare per kvadratkilometer.[3] Närmaste större samhälle är Puebla de Zaragoza, 14,7 km öster om San Miguel. Trakten runt San Miguel består till största delen av jordbruksmark.[4]