San Juan del Puerto är en kommunhuvudort i Spanien.[1] Den ligger i provinsen Provincia de Huelva och regionen Andalusien, i den sydvästra delen av landet, 400 km sydväst om huvudstaden Madrid. San Juan del Puerto ligger 9 meter över havet[a] och antalet invånare är 6 834.[1]
Terrängen runt San Juan del Puerto är huvudsakligen platt. San Juan del Puerto ligger nere i en dal.[b] Runt San Juan del Puerto är det ganska glesbefolkat, med 47 invånare per kvadratkilometer.[3] Närmaste större samhälle är Huelva, 10,3 km sydväst om San Juan del Puerto. Trakten runt San Juan del Puerto består till största delen av jordbruksmark.[4]