Årsskiftet 1678–1679 började han återresan till Sverige – en resa som tog honom 3 månader. Han var hela sitt vuxna liv starkt påverkad av sjukdom efter sin studenttid i Uppsala, då han under stora umbäranden satt häktad för delaktighet i upplopp. Närmast av en slump hade han dragits med i en strid för ”akademisk frihet”, vilket i dåtidens termer betydde att studenterna önskade supa och rumla fritt, snarare än studera. Sjukdomen han drabbades av under häktestiden var den som slutligen dödade honom, blott 37 år gammal, fyra månader efter hans ankomst till hemlandet.
Vid sin död var han sysselsatt med ett epos om Karl XI:s danska krig, Den swenske konungs-son, av vilket endast ett fragment finns bevarat.[3]
Columbus sångsamling Odæ Sveticæ är den första konstnärligt mera betydande sångsamlingen med svenska texter. De blev tonsatta av Gustaf Düben den äldre. Fyra melodier blev intagna i 1697 års koralpsalmbok med nydiktade texter. Hwad är thet åht att iag mit Sinne qwällier blev mönster för åtskilliga parodivisor.[4] Han finns representerad i 1819 och 1986 års svenska psalmböcker. En av hans världsliga visor, Lustwins Wijsa, är tonsatt av Knut Håkanson.[5]
Samuelis Columbi Bibliske werld, sampt andre hans poetiske skriffter, med flijt samblade, och andre resan uplagde. Tryckt i Stockholm af Johann Georg Eberdt, åhr 1687. 1687. Libris2514561
En swensk ordeskötsel / utgiven med inledning och kommentar av Sylvia Boström. Nordiska texter och undersökningar, 0280-9966 ; 20. Stockholm: Almqvist & Wiksell. 1963. Libris8072380
Öfwer Fordom Hans Kongl. May.tz TrooMan och Krijgs-Råd, Den Edle och Wälborne Herren, Göran Stiernhielm. Gravskrift över Georg Stiernhielm, utgiven 1674.[6]
Mål-roo eller roo-mål : bestående af allehanda rolige frågor och svar, snack och sagor, pusser och äfventyr, språk och kortvill : [samt En svensk ordeskötsel angå'nde bokstäfver, ord ok ordesätt] : i urval. Stockholm: LT. 1957. Libris2140363
Samlade dikter / utgivna av Bernt Olsson och Barbro Nilsson. Svenska författare. Ny serie, 1100-729X. Stockholm: Svenska vitterhetssamf. (SVS). 1994-1995. Libris2006696