Progressiva partiet hade under en lång tid en betydande ställning i Wisconsin. År 1946 lades verksamheten ned och La Follette kandiderade till omval i republikanernas primärval med en kampanj som betonade hans motstånd mot Förenta nationerna. Han förlorade mot Joseph McCarthy som sedan vann själva senatsvalet. Två år senare grundade Henry A. Wallace ett nytt progressivt parti som var mera vänsterorienterat än det som La Follette hade representerat.
La Follette lämnade senaten i januari 1947 men stannade kvar i Washington, D.C. som lobbyist. Han hittades död 24 februari 1953. La Follette hade skjutit sig själv. Historikern Patrick Maney har senare fört fram en teori att La Follette var rädd för att bli utsatt för efterträdaren McCarthys hetsjakt mot kommunister. Vissa av hans medarbetare hade under åren haft kontakt med kommunisterna.
La Follettes grav finns på Forest Hill Cemetery i Madison. Sonen Bronson La Follette var delstatens justitieminister (Wisconsin Attorney General) 1965-1969 och 1975-1987.
