Braunerhjelm har varit verksam som vice VD vid Industriens utredningsinstitut (IUI) från 1994 till 2000, och vid Studieförbundet Näringsliv och Samhälle (SNS) från 2000, där han var forskningsledare från 2003 och samtidigt adjungerad professor i nationalekonomi vid Linköpings universitet.[4] Han utsågs 2005 till gästprofessor i internationell affärsverksamhet vid KTH under perioden mars 2005 till februari 2010.[2] Gästprofessuren finansieras genom en donation av entreprenören och uppfinnaren Leif Lundblad.
Den 3 april 2014 utsågs Braunerhjelm till ordförande för, den av regeringen, utsedda Entreprenörskapskommittén med uppdrag att se över företagsskatterna och förutsättningarna för att starta, driva, utveckla och äga företag i Sverige.[5]
2001 – Eliasson Gunnar, Braunerhjelm Pontus, red. Huvudkontoren flyttar ut: om de svenska huvudkontorens betydelse för tillväxt och välstånd (1. uppl.). Stockholm: SNS förl. Libris8370877. ISBN 9171508260
2004 – Braunerhjelm Pontus, Skogh Göran, red. Sista fracken inga fickor har: filantropi och ekonomisk tillväxt (1. uppl.). Stockholm: SNS förl. Libris9411041. ISBN 9171509399
2006 – Andersson, Thomas; Braunerhjelm Pontus, Jakobsson Ulf. Det svenska miraklet i repris?: om den tredje industriella revolutionen, globaliseringen och tillväxten (1. uppl.). Stockholm: SNS förlag. Libris10134475. ISBN 9185355518
2008 – (på engelska) Entrepreneurship, knowledge, and economic growth. Foundations and trends in entrepreneurship, 1551-3114 ; 2008:5. Boston: Now Publishers. Libris11166226. ISBN 9781601981240
2012 – Braunerhjelm, Pontus; Eklund Klas, Henrekson Magnus. Ett ramverk för innovationspolitiken: hur göra Sverige mer entreprenöriellt?. Stockholm: Samhällsförlaget. Libris13501366. ISBN 9789197943284
2013 – Braunerhjelm Pontus, red. Institutioner och incitament för innovation: entreprenöriella vägval för svensk tillväxt. Swedish Economic Forum report ; 2013. Stockholm: Entreprenörskapsforum. Libris17505007
Eklund Johan, Norlin Pernilla, red (2018). Festskrift till Pontus Braunerhjelm. [Örebro]: Entreprenörskapsforum. Librisnzp36kwzlwdbjzmv. ISBN 9789189301986 - festskrift till Braunerhjelms 65-årsdag.
^Braunerhjelm, Pontus (1999) (på engelska). Knowledge capital, firm performance and network production. JIBS dissertation series, 1403-0470 ; 4. Jönköping: Jönköping International Business School [Internationella handelshögsk. i Jönköping]. Libris7778403. ISBN 91-89164-06-7