Frassoni var medordförande för Gruppen De gröna/Europeiska fria alliansen från 2002 till 2009. Under hela sin period som ledamot i Europaparlamentet var hon ledamot av utskottet för konstitutionella frågor, delegationen till den gemensamma parlamentarikerkommittén EU-Cypern, talmanskonferensen, delegationen för förbindelserna med länderna i Sydamerika och Mercosur, utskottet för rättsliga frågor, delegationen för förbindelserna med Mercosur och delegation till den parlamentariska församlingen EU-Latinamerika.[1][2]
Hon var dessutom suppleant för utskottet för utrikesfrågor, mänskliga rättigheter, gemensam säkerhet och försvarspolitik, delegationen till den gemensamma parlamentarikerkommittén EU-Turkiet, utskottet för medborgerliga fri- och rättigheter samt rättsliga och inrikes frågor, delegationen till den gemensamma parlamentarikerkommittén EU-Cypern, utskottet för industrifrågor, forskning och energi, utskottet för konstitutionella frågor, delegationen för förbindelserna med Iran, delegationen till den parlamentariska församlingen för EU-Medelhavsområdet och utskottet för miljö, folkhälsa och livsmedelssäkerhet.[1][2]