De var till en början amatörer men blev 1889 en professionell klubb. Tre år senare återgick de till amatörfotboll och vann bland annat FA:s amatörcup två gånger. 1899 blev klubben åter professionell och blev medlem av The Football League, där de har spelat sedan dess. 1913 kom den bästa ligaplaceringen genom tiderna med en tredjeplats.
Middlesbrough har endast två större titlar sedan grundandet – 1975 vann laget den Anglo-skotska cupen och 2004 vann de Engelska Ligacupen. 2006 gick de till final i Uefacupen, där det blev förlust mot Sevilla med 0-4.
Klubben har spelat sammanlagt 14 säsonger i Premier League, men säsongen 2008/09 åkte Middlesbrough ned i den näst högsta divisionen, The Championship. Sejouren i The Championship varade till den 7 maj 2016 då man säkrade uppflyttning i seriens sista omgång. Den sista och avgörande matchen var hemmamötet mot Brighton & Hove Albion. Båda lagen hade möjlighet att säkra uppflyttning inför matchen men för Middlesbrough räckte ett oavgjort resultat för att avancera. Matchen slutade 1-1 och Middlesbroughs mål gjordes av Cristian Stuani.[1] Vistelsen i Premier League blev dock kortvarig då säsongen 2016/2017 slutade i en 19:e plats och nedflyttning.[2]
Meriter
Football League Division 2: 1926/27, 1928/29, 1973/74, 1994/95