Klubben vann World Series redan 1997, under femte säsongen. Detta var ett nytt rekord för nya klubbar i MLB, ett rekord som sedan slogs av Arizona Diamondbacks som vann World Series under sin fjärde säsong 2001. Marlins vann även World Series 2003. Vid sina två World Series-vinster kom Marlins båda gångerna med till slutspelet som så kallad wild card-klubb, det vill säga man var bästa tvåa i ligan. Klubben har däremot aldrig vunnit sin division.
Inför säsongen 2012 bytte klubben namn till Miami Marlins och bytte samtidigt logotyper och dräkter.[12]
I september 2017 såldes klubben till en grupp investerare ledd av affärsmannen Bruce Sherman. I gruppen ingick även den före detta storspelaren Derek Jeter.[13] Jeter sålde dock sin andel i början av 2022.[14]
Hemmaarena
Hemmaarena är Loandepot Park, tidigare kallad Marlins Park, invigd 2012. För att få ekonomisk hjälp från de lokala myndigheterna med att bygga arenan gick klubben med på att byta namn från Florida Marlins till Miami Marlins.[12] Tidigare spelade klubben i Sun Life Stadium, som man delade med klubben i amerikansk fotbollMiami Dolphins i National Football League (NFL).