van Boxhorns författarskap betecknas av en ofantlig produktivitet; på 25 år utgav han mer än 60 större eller mindre arbeten inom den humanistiska bildningens olika grenar: latinska dikter, tal och epistlar, kommenterade upplagor av klassiska författare, filologiska, historiska och statsvetenskapliga avhandlingar. Bland dessa bör nämnas: Poemata (1629); Originum gallicarum liber (1654), Historia universalis (1651); Apologia pro navigationibus hollandorum (1633), Institutionum politicarum libri duo (1650) och Disquisitiones politicæ (1650). De två sistnämnda arbetena visar även stort intresse för alla ekonomiska frågor och innehåller bland annat en fullständig och enhetlig framställning av finansväsendet.