Efter nationalisternas seger i spanska inbördeskriget 1939 flyttades målningen till Museum of Modern Art i New York. Under en rundresa i Europa visades den 1956 i Stockholm på det ännu inte invigda Moderna museet tillsammans med de 93 skisser som åtföljde målningen.[1] Verket flyttades till slut tillbaka till Spanien 1981, då demokrati återigen införts i Spanien. Under några år visades målningen i Casón del Buen Retiro och flyttades sedan till Museo Reina Sofía (båda i Madrid) där nu en särskild lokal ägnas åt konstverket. Ett antal utställda fotografier visar hur konstnären har skissat på olika utföranden och i tidsordning kan man följa hur konstverket har växt fram. Fotografierna gjordes av Dora Maar (1907–1997), känd fotograf och Picassos älskarinna. Bilderna var en beställning för Cahiers d'art.[2]
Det finns en anekdot från andra världskriget som berör målningen. Nazisterna såg hans konstform som fördärvande för samhället, därför blev Picasso ofta trakasserad av gestapoagenter under ockupationen av Paris. Under en genomsökning av hans lägenhet pekade nazisten på den kaotiska målningen och frågade 'har du gjort detta?', till vilket Picasso ska ha svarat 'Nej, det var du som gjorde det'.[3]
En reproduktion av målningen återfinns i FN:s högkvarter i New York. När generalförsamlingen sammanträdde angående en möjlig invasion av Irak år 2003 täcktes målningen över av ett blått skynke[4] eftersom TV-teamen som filmade som tyckte att Guernica skulle bli en för rörig bakgrund.[5]
