Francisco Hernández de Córdoba, född omkring 1467 i Córdoba, Spanien, död 1517 i Sancti Spíritus, Kuba, var en spansk conquistador och den förste upptäcktsresanden från Europa att utforska Yucatánhalvön vilket han gjorde år 1517.
Upptäcktsresan till Yucatánhalvön utgick från Kuba. Bernal Díaz del Castillo var med på Hernández de Córdobas upptäcktsresa till Yucatánhalvön och skildrar den i boken Mexikos erövring (spanska: Historia verdadera de la conquista de la Nueva España). Många av Hernández de Córdobas män stupade i strid med mayaindianer nära staden Champotón och Hernández de Córdoba blev själv illa skadad och dog bara några dagar efter att ha återvänt till Kuba.