Ekeby församling var en församling i Linköpings stift inom Svenska kyrkan i Boxholms kommun i Östergötlands län. Församlingen uppgick 2010 i Boxholms församling. Församlingskyrkorna var Ekeby kyrka och Boxholms kyrka. Folkmängd i församlingen var 2006 3 783 invånare.
Församlingen har medeltida ursprung. Ur församlingen avsöndrades 1 maj 1880 en del för att uppgå i den då nybildade Blåviks församling.
Församlingen var till 1962 moderförsamling i pastoratet Ekeby och Rinna, som 1880 utökades med Blåviks församling. Från 1962 till 1973 utgjorde församlingen ett eget pastorat, för att från 1973 till 2010 vara moderförsamling i pastoratet Ekeby, Åsbo, Malexander och Blåvik, som 1992 utökades med Rinna församling. Mellan 1927 och 1986 var församlingen uppdelad i två kyrkobokföringsdistrikt: Ekeby norra kbfd (056001) och Ekeby södra kbfd (056002).[2] Församlingen uppgick 2010 tillsammans med övriga församlingar i pastoratet i Boxholms församling.[3]
Församlingskod var 056002.
Lista över Ekeby kyrkoherdar.
I församlingen tjänstgjorde under en kortare tid Bo Giertz som vice pastor i mitten av 1930-talet.
Organister, kantorer och klockare vid Ekeby kyrka.
Organister, kantorer och klockare vid Boxholms kyrka.