Šuker bidrog stort till att Kroatien under den andra hälften av 1990-talet nådde den absoluta världstoppen i fotboll. Han deltog redan 1990 med i VM, men utan att spela och då representerade han Jugoslavien. Kroatien tog sig till sitt första stora mästerskap i EM 1996 och då fick Šuker spela. Han hjälpte sitt lag till kvartsfinal där det blev en uddamålsförlust mot blivande Europamästarna Tyskland med 1–2.
Under VM 1998 storspelade Šuker och var nationens hjälte då han var nära att föra Kroatien till VM-final, men fick som tröst en bronsmedalj men även äran att få titulera sig som hela världsmästerskapets skyttekung, med sex gjorda mål. Šuker deltog även fyra år senare i VM 2002, men hans stjärna hade då redan börjat att dala och spelade bara en match (där han dessutom byttes ut). Efter tiden i Real Madrid bytte Šuker klubbar flera gånger utan att lyckas fullt ut. 35 år gammal lade han skorna på hyllan. Šukers sista klubb blev TSV 1860 München.
