Colonia San Francisco är en ort i Mexiko.[1] Den ligger i kommunen Indaparapeo och delstaten Michoacán de Ocampo, i den södra delen av landet, 200 km väster om huvudstaden Mexico City. Colonia San Francisco ligger 1 841 meter över havet[a] och antalet invånare är 367.[1]
Terrängen runt Colonia San Francisco är en högslätt.[b] Runt Colonia San Francisco är det ganska tätbefolkat, med 78 invånare per kvadratkilometer.[3] Närmaste större samhälle är Zinapécuaro, 15,4 km öster om Colonia San Francisco. Trakten runt Colonia San Francisco består till största delen av jordbruksmark.[4]