Det äldsta kända namnet på denna lilla holme är Käpplingen och namnet förekommer i den medeltida möjligen osanna berättelsen som de så kallade Käpplingemorden om hur ett antal stockholmsborgare togs tillfånga av tyskar och brändes inne i ett hus. Detta skulle ha inträffat 1389 eller 1392.
Vid mitten av 1500-talet bytte holmen namn. Orsaken var att Stockholms skeppsgård, som tidigare legat vid slottet Tre Kronor, på 1550-talet flyttades över till denna holme som därmed kom att kallas Skeppsholmen och stundom endast Holmen. Skeppsgården låg på den nordöstra sidan mot Nybroviken. På 1640-talet flyttades varvet till nuvarande Skeppsholmen, som därmed även också fick överta namnet. På Blasieholmens äldsta kända karta från 1650-talet visas en ny tomtindelning efter att skeppsgården hade lämnat holmen. Kartan är med all sannolikhet upprättad av stadsingenjörenAnders Torstensson.[1] Den tidigare Skeppsholmen omtalades framgent som Gamble Skepzsholmen. Hur gammalt namnet Blasieholmen[2] är, är ovisst.
De två namnen Gamla Skeppsholmen (Gamble Skepzholmen) och Blasieholmen levde vid sidan av varandra fram till 1670-talet då det senare namnet tog över. Det är inte helt klarlagt vem denne Blasius var som gav namn åt holmen. Två namn har cirkulerat i historien; (1) Stadskrivaren (stadssekreteraren) Blasius Olsson Rask som verkade i Stockholm 1544–1567, som även var skeppsredare och (2) Blasius Dundej[3], med de olika stavningarna på efternamnet: Dunday, Dondy, Dundej, Dundee eller Dundie, en framgångsrik affärsman av skotsk härstamning, som på 1590-talet som ägde många fastigheter i Stockholm och som en tid kallades Johan III:s köpman.
Den del av nuvarande Blasieholmen där Nationalmuseum ligger var tidigare en kringfluten holme vars äldsta kända namn var Myntholmen. År 1634 färdigställdes en kyrka där för amiralitetets räkning. Holmen kom därefter att kallas Kyrkholmen. Kyrkan brann år 1822. I samband med uppförandet av Nationalmuseum (invigt år 1866), utfylldes den smala kanalen som skilde Kyrkholmen från Blasieholmen. Åren 1865–1867 uppfördes Blasieholmskyrkan, vilken revs 1964.
Den nordöstra delen av Blasieholmen användes tidigt som ett område för mottagning och upplag av fisk kallat Sillhofvet. Beslutet att reservera området för hanteringen av fisk togs av stadsledningen 1789 och upphävdes först 1871. Kvarteret har fortfarande kvar benämningen med den moderniserade stavningen Sillhovet.