Béjaïa ligger vid floden Oued Soummams mynning, cirka 20 mil öster om Alger. Kusten vid Béjaïa får cirka 1 000 mm nederbörd om året, och staden omges av en fruktbar slätt.[2] Viktiga monument i staden är moskén från 1500-talet och den fästning, kasbah, som spanjorerna uppförde 1545.
En akvedukt försörjde Saldae, som romarna kallade Bejaïa, med vatten från Tadrart Aghbalou 16,5 kilometer öster om staden. Enligt en fransk studie från 1994 inleddes arbetet med akvedukten 137 under ledning av ingenjören Nonius Datus och tog 4-6 år och en hel armé att genomföra.
708 erövrades området av araberna. Området beboddes under 1000-talet av berbestammen Bidjaja, som gav namn åt den av hammadiderna 1063 på platsen grundade staden, som 1090 blev huvudstad i deras rike. Béjaïa fick stor betydelse som hamnstad och handel, industri och vetenskap blomstrade.[3]
1136 slogs en flottexpedition från Genua tillbaka men staden intogs av almohaderna1152. Staden blev på nytt ett blomstrande kommersiellt, vetenskapligt och kulturellt centrum under hafsiderna som styrde staden från 1240-talet,[3] i synnerhet då under al-Hammad al-Nasir. Befolkningen i Bejaïa uppgick under denna tid enligt reseskildringar till flera tio tusen människor. Majoriteten bestod av kabyler och andalusier men där fanns också betydande spanska, judiska och kristna grupper.
Handelsförbindelserna med de kristna hamnstäderna i Genua, Pisa, Venedig, Marseille samt Katalonien och Mallorca var betydande och relationerna mellan den muslimska staden och de kristna var fredliga. Det välvilligt inställda blev som påven Gregorius VII skickade till al-Nasir 1076 är förmodligen unikt i relationerna mellan det kristna Europa och den muslimska Nordafrika.
1510 försökte Spanien etablera en koloni med Bejaïa som huvudfäste och lyckades med svårighet hålla ställningarna fram till 1555, då staden intogs av paschan av Alger.[3]
Den turkiska tiden
Från mitten av 1500-talet och fram till den franska ockupationen blev Bejaïa ett viktigt säte för sjörövare (se Barbareskstaterna). Som en utpost i det osmanska riket förlorade staden sin centrala roll även om den fortsatte att vara en betydande hamnstad.
Kolonialismen
Med den franska ockupationen som inleddes 1833 inleddes den långa kampen mellan fransmän och lokalbefolkningen som kantades av många uppror, varav flera utgick från Bejaïa under ledning av till exempel Bou Baghla. Revolutionsåret 1871 utropade cheikh Aheddad en jihad i staden som svar på el-Mokranis appell. 8 maj1945 massakrerade den franska armén invånare i Kherrata, Sétif och Guelma. I samband med den väpnade kampen mot fransmännen samlades FLN i november 1954 till Soummam-kongressen.