Поједини извори наводе да је хрватског порекла.[1][2][3][4] Сам Малкович је изјавио да не зна поуздано своје порекло и да мисли да му је бака по оцу српског порекла.[5]
Године 1985, у Бродвејском театру „Круг у квадрату”, Малкович је режирао оживљену поставку позоришне представе Оружје и човек, рађену по истоименом делуЏорџа Бернарда Шоа.[6][7] Радња драме је смештена за време Српско-бугарског рата (1885), а главни јунаци су Рајна, Бугарка која је верена за романтичног бугарског коњичког официра, Сергеја, који се будаласто супротставља практичном и прорачунатом швајцарском официру, Блунчлију, из победничке српске војске.[6][7] Блунчлија је тумачио Кевин Клајн, чију је улогу преузео Малкович након Клајновог напуштања представе.
^ абTheater: Oh, What a Lovely War!. 105. Newsweek. 1985. стр. 1. „The chief risk involves the acting of Raul Julia as Sergius, one of the three central roles. Sergius is a Bulgarian cavalry officer in the 1885 Serbian war with Bulgaria, a madly romantic figure who leads his charges in foolhardy assaults. In Shaw's dialectical scheme Sergius is pitted against Bluntschli (Kevin Kline), a realistic, practical Swiss officer who serves on the winning Serbian side.”
^ абArms and the Man. New York Theatre Critics' Reviews. Critics' Theatre Reviews. 31. 5. 1985. стр. 252—257.