До 24. септембра2000. године, председник СРЈ се бирао у Савезној скупштини, коју су чинили Веће грађана и Веће република. Први председник ове државе био је књижевник Добрица Ћосић. Почетком 1993. године, Српска радикална странка га је оптужила за покушај војног удара против председника Републике СрбијеСлободана Милошевића, који је и иначе био једна од најзначајнијих особа за оснивање државе, па је уз подршку СПС-а, Ћосић био смењен. За његовог наследника је изабран члан СПС-а Зоран Лилић, који је остао на власти до краја мандата. У јулу1997. године, након истека оба мандата председника Републике Србије, Милошевић је изабран за председника СРЈ.
У јулу2000. године, усвојени су уставни амандмани, којима се председник бирао директним гласањем, и којима је Милошевићу отворен пут за још најмање један мандат. Ипак, изборе од 24. септембра 2000. године је изгубио, а након демонстрација 5. октобра те године, признао је пораз и повукао се у опозицију, јер је СПС изгубила и већину у скупштини. Последњи председник СРЈ, био је Војислав Коштуница, и на том месту је остао до реконституисања 2003. године.
.svg)
.jpg)
