Обрачуни припадника ове две странке, истоветног програма постајали су, како је Драшковић постајао ближи Милошевићу, а Илић све јачи и јачи, готово редовни и по правилу физички. На митингу против Милошевићевог режима на Преображење 2000. године, пошто је Драшковић своје учешће условио тиме да Велимир Илић не говори на скупу, дошло је до физичког обрачуна чланова ове две странке пред великом масом окупљених демонстраната[тражи се извор]
Самостални излазак на изборе, ван најшире, до тада виђене опозиционе коалиције ДОС, Драшковићев СПО платио је занемарљивим бројем гласова и недобијањем ни једног посланичког места[тражи се извор]. Велимир Илић, пак, био је један од хероја демонстрација 5. октобра 2000. године. које су Милошевића и његов режим збацили са власти, пошто није признао пораз на изборима. Ипак, ни он није ушао у нову владу Зорана Ђинђића, углавном због неслагања око њеног састава[тражи се извор].
На парламентарним изборима у Србији 28. децембра2003, Нова Србија је освојила 7,7% гласова (22 од 250 посланичких места) у коалицији са Српским покретом обнове (једина монархистичка коалиција). Новој Србији је коалиционим уговором припало 9 посланичких места. Мада су обе странке ушле у Владу Србије, заједнички посланички клуб се веома брзо распао, када је СПО покушао да формира свој самостални посланички клуб, а већина његових посланика одлучила да остане уз Илићеву Нову Србију.
На парламентарним изборима 2012., у оквиру коалиције Покренимо Србију, освојила је 8 посланичких мандата и ушла у Владу Републике Србије. У коалицији са Српском напредном странком учествовала је и на ванредним парламентарним изборима 2014. и 2016. године. Почетком 2017. године напушта дотадашњу коалицију са владајућом Српском напредном странком и прелази у опозиционо деловање.[2] Након раскида коалиционог споразума, странку напуштају истакнути чланови: Дубравка Филиповски[3], Велимир Станојевић[4], што све резултира губљењем посланичког клуба и удруживањем са другим опозиционим посланицима у нови клуб За спас Србије — Нова Србија[5].
